然而，本次交易存在重大风险。
淮河能源在预案中曾表示，淮南矿业部分子公司生产经营存在不确定性，主要是位于内蒙古的三家煤矿项目公司（银宏能源、华兴公司、中北公司）原股东历史上存在未完成资源转化配套项目投资建设的情况，当地政府正向三家项目公司追缴矿业权出让收益。
这一问题也引起了监管部门高度关注，要求淮河能源对上述情况进行详细摸底。2022年4月9日，淮河能源首次披露了摸底情况。
据政府相关规定，在内蒙古当地投资建设符合一定条件的项目的单位可申请配置相应煤炭资源，项目每投资20亿元可配置1亿吨煤炭资源，如项目投资额在20亿元以上的，按照实际完成的投资额计算配置煤炭资源量，多退少补，投资额不足20亿元的，收回配置的煤炭资源，或者由企业按照当前市场价格支付矿业权价款。
银宏能源、华兴公司、中北公司三家企业是承接配置煤炭资源的项目公司，其原股东在当地的投资项目分别为银宏干细胞项目、华泰汽车项目和60万吨/年甲醇气头改煤头项目。但是，银宏干细胞项目实际完成投资仅有4亿元，华兴公司的华泰汽车项目投资建设也未实际全部完成，中北公司60万吨甲醇气头改煤头项目则未建。
三家项目公司的控股股东在2010年3月份、2010年9月份、2011年1月份陆续变更为淮南矿业。
2022年6月22日，公司披露重组报告书显示，上述三家项目公司获得了当地政府超配的煤炭资源。其中银宏能源原股东涉嫌超配1.32亿吨资源量，华兴公司超配7.288亿吨，另附煤矿铁路压覆煤炭资源需补缴的采矿区出让收益2.83亿元，中北公司原配置的2.23亿吨资源需全部清理。涉及追缴金额共计36.595亿元。
最终，对于缴纳矿业权出让收益一事银宏能源拿出了方案：由原股东永泰公司及其实控人李德福以其股权分红款偿付、由银宏能源与内蒙古自治区自然资源厅签署采矿权出让合同代缴、由永泰公司股东龚虹嘉提供个人担保的方式进行初步处理。华兴公司及中北公司的问题则尚无进一步进展。
